ยุคของเฟอร์กูสัน (1986–2013)

อเล็กซ์ เฟอร์กูสันและผู้ช่วยของเขา อาร์ชี น็อกซ์ ที่มาจากแอเบอร์ดีน เข้ารับตำแหน่งผู้จัดการทีมในวันเดียวกันกับที่แอตกินสันถูกปลดออก[42] และพาสโมสรจบอันดับที่ 11 ในลีก[43] แม้ว่าสโมสรจะจบอันดับที่ 2 ในฤดูกาล 1987–88 แต่ในฤดูกาลถัดมา สโมสรกลับไปจบอันดับที่ 11 เหมือนเดิม[44] มีรายงานว่าเฟอร์กูสันจะถูกไล่ออก ก่อนที่ใน ค.ศ. 1990 สโมสรจะชนะเลิศเอฟเอคัพเหนือคริสตัลพาเลซในนัดชิงชนะเลิศที่แข่งใหม่ (หลังจากที่เสมอกัน 3–3) ทำให้เฟอร์กูสันได้ทำหน้าที่ต่อ[45][46] ฤดูกาลถัดมา แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดชนะเลิศยูฟ่าคัพวินเนอร์สคัพเป็นสมัยแรก ทำให้ได้เข้าร่วมแข่งขันยูฟ่าซูเปอร์คัพ 1991 และสามารถเอาชนะเรดสตาร์ เบลเกรด ทีมชนะเลิศยูโรเปียนคัพ ด้วยผลประตู 1–0 ในนัดชิงชนะเลิศที่โอลด์แทรฟฟอร์ด ต่อมาใน ค.ศ. 1992 สโมสรเข้าชิงชนะเลิศลีกคัพเป็นครั้งที่สองติดต่อกัน โดยทีมเอาชนะนอตทิงแฮมฟอเรสต์ด้วยผลประตู 1–0 ที่สนามกีฬาเวมบลีย์[41] ต่อมาใน ค.ศ. 1993 สโมสรชนะเลิศลีกเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ ค.ศ. 1967 และในปีถัดมา สโมสรชนะเลิศลีกสองสมัยติดต่อกันเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ ค.ศ. 1957 และยังชนะเลิศเอฟเอคัพ นับเป็นดับเบิลแชมป์ครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสร[41] ยูไนเต็ดกลายเป็นสโมสรแรกของอังกฤษที่คว้าดับเบิลแชมป์ได้สองครั้งหลังจากที่พวกเขาชนะเลิศทั้งสองรายการอีกครั้งในฤดูกาล 1995–96[47] ก่อนที่ป้องกันแชมป์ลีกอีกหนึ่งสมัยในฤดูกาล 1996–97 ขณะที่ยังมีการแข่งขันเหลือเพียงนัดเดียว[48]

เหรียญด้านหน้าสามเหรียญ: เหรียญทริปเปิลแชมป์ของแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดในฤดูกาล 1998–99 ถูกจัดแสดงที่พิพิธภัณฑ์สโมสร

ในฤดูกาล 1998–99 แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดกลายเป็นสโมสรแรกที่ชนะเลิศพรีเมียร์ลีก เอฟเอคัพ และยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก หรือ "ทริปเปิลแชมป์" ได้ในฤดูกาลเดียวกัน[49] โดยในยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก นัดชิงชนะเลิศ 1999 ยูไนเต็ดตามหลังอยู่ 1–0 แต่เมื่อเข้าสู่ช่วงทดเวลาบาดเจ็บ เท็ดดี เชอริงงัมและอูเลอ กึนนาร์ ซูลชาร์ ทำประตูแซงเอาชนะไบเอิร์นมิวนิกได้อย่างปาฏิหาริย์ ถือเป็นหนึ่งในการกลับมาเอาชนะที่ยิ่งใหญ่ที่สุดตลอดกาล[50] สโมสรยังชนะเลิศอินเตอร์คอนติเนนตัลคัพหลังจากที่เอาชนะปัลเมย์รัสด้วยผลประตู 1–0 ที่โตเกียว[51] เฟอร์กูสันได้รับยศอัศวินจากคุณประโยชน์ของเขาที่มีต่อฟุตบอล